农家乐食品安全问题突出，不少旅游者比较乐于成群结队或结伴在旅游中选择“吃农家饭、品农家茶”。一些旅游者甚至现场购买“农家乐”里还在饲养的猪、羊、狗、鸡、鸭等畜禽，要求现场宰杀后烹饪。这种做法实际上隐藏着不少问题，现场宰杀的畜禽几乎是没有经过检验检疫部门的检疫，其中暗藏的疾病游客和经营者是无法分辨出来的。而“农家乐”中的厨房、碗筷也缺乏正规的消毒措施，没有卫生防疫部门的监管;很难达到与城镇餐馆相提并论的消费要求和卫生标准。有的经营点甚至还出售明令禁止销售的保护野生动物，如野猪、蛇类、青蛙等动物。
曾风靡一时的农家乐，如今虽不说完全冷落，但热度的确没有以前那么高。一是同行竞争激烈，二是农家乐的开业地点对农家乐的生意影响很大。外出旅游时，景区周边就有不少农家乐，但由于地理位置偏僻，游客也不多，有几家农家乐已经倒闭，在选择开农家乐时，应选择风景名胜区或人流较多的地方，要建造农家乐，必须有自己的特色，如农家乐可以做一些美味的特色菜肴，或者用当地的农产品烹饪，总之，它必须与别人的农家乐不同。
很多的农家乐开始注重品牌打造来吸引更多创业者和消费者。从而提高农民创业成功率和发展农家乐的积极性。同时通过依托庭院、农业和当地养殖等发展农家乐产业链，提高农业附加值，打造卫生绿色农家乐。农家乐做的越来越好，甚至兴起的主要原因，也可以说是现在的城市人可以说习惯了城市无聊的生活，憧憬着农村的生活，去旅行的人增加，也促进了当地农家乐的快速发展。
